1. GEO
数据库网址 ：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/数据库简介 ：公共基因表达数据库，收录全球研究人员上传的微阵列芯片、二代测序等高通量数据，含大量单细胞测序数据集，支持免费下载。核心模块 ：可通过文章中 “Data availability” 提供的 GSE 数据编号及链接，在官网直接下载对应数据集。
2. CellMarker 2.0
数据库网址 ：http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/数据库简介 ：由哈尔滨医科大学李霞教授团队建设，2018 年首次发布，是分析单细胞 RNA 测序数据的 R 包，提供人和小鼠不同组织中不同细胞类型的 marker 基因集合，助力细胞类型识别与注释。核心模块 ：包含 Home、Search、Browse、Cell Tools、Download、Help 六大模块。
3. CancerSEA
数据库网址 ：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/数据库简介 ：由哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院研发，是首个单细胞水平解析癌细胞不同功能状态的专用数据库，描绘 41,900 个来自 25 种癌症类型、涉及 14 种功能状态的癌症单细胞功能状态图谱。核心模块 ：含 Home、Search、Browse、Statistic、Download、Help 六大模块，Home 板块 14 种花型图案对应 14 种癌症相关功能状态，可链接至具体功能状态的癌症及细胞数据。
4. MCA
数据库网址 ：https://bis.zju.edu.cn/MCA/数据库简介 ：由浙江大学郭国骥团队开发，对小鼠近 50 种器官组织的 40 余万个单细胞进行系统性单细胞转录组分析，构建首个哺乳动物细胞图谱，收录小鼠近 50 种组织、40 万个细胞的基因表达数据，目前已更新至 3.0 版本。核心模块 ：由 Home、Atlas、Gallery、Search、RunscMCA、FAQ、Contact 七个模块组成。
5. Single Cell Portal
数据库网址 ：https://singlecell.broadinstitute.org/single_cell数据库简介 ：由 Broad 研究所建立，旨在打通单细胞分析障碍，加速单细胞研究，目前收录 525 个研究、31843492 个单细胞测序数据，且持续更新。核心模块 ：提供两种检索模式，一是根据研究项目检索，二是根据基因检索，可按需选择。
6. UCSC cell browser
数据库网址 ：https://cells.ucsc.edu/数据库简介 ：在线单细胞可视化工具，可在单个 / 多个数据集中对基因表达和数据注释分布进行可视化，也可使用免费 Python 包为自身单细胞数据集创建稳定 / 独立的可视化图像。核心模块 ：汇集多个单细胞转录组数据集，支持选择数据集可视化及下载；主要显示二维散点图（常见 tSNE 或 UMAP 降维输出），可根据注释或基因表达为细胞着色。
7. Cell Blast
数据库网址 ：https://cblast.gao-lab.org 数据库简介 ：由北京大学高歌研究员实验室开发，是基于深度对抗学习模型的单细胞转录组数据检索和注释新方法，配备高质量注释的单细胞转录组参考数据库 ACA，为细胞注释和跨数据集研究提供工具与资源。核心模块 ：含 home、Download、FAQs、Contact 四个模块；可在 Home 界面上传数据（格式要求参考 Note），也可在 Download 中下载数据库，利用 Python 包进行线下分析。
8. Single Cell Expression Atlas
数据库网址 ：https://www.ebi.ac.uk/gxa/sc/home数据库简介 ：即 SCEA，是欧洲 EMBL-EBI 数据库的子数据库，当前包含 21 个物种、383 个 scRNA-seq 实验，总计 10,053,044 个细胞的单细胞转录组数据。
9. PanglaoDB
数据库网址 ：https://panglaodb.se/index.html数据库简介 ：整合小鼠和人类多种单细胞转录组数据的综合数据库，目前共计收录 1,368 例样本、258 种组织、约 550 万细胞数据，也是单细胞测序分析中细胞注释工具的优质选择。
10. DISCO
数据库网址 ：https://www.immunesinglecell.org/数据库简介 ：深度整合的单细胞组学数据库，整合来自 21,415 个样本的超过 1.35 亿个细胞，涵盖 461 种细胞类型，面向单细胞研究相关临床与科研工作者，对研究健康和患病组织异质性有重要帮助。
11. scTML
数据库网址 ：http://sctml.xglab.tech/数据库简介 ：提供涵盖多种癌症、包含多种突变类型的单细胞图谱，可用于研究单细胞水平的突变模式，探究这些模式与基因表达及表型信息的关联。
12. CellPhoneDB
数据库网址 ：https://www.cellphonedb.org/数据库简介 ：公开可用的受体、配体及其相互作用信息资源库，包含配体和受体的亚基结构信息，可精准呈现异聚复合物；既可单独查询特定配体 - 受体信息，也可与 CellPhoneDB 工具结合分析自身单细胞转录组数据。
13. ColorCells
数据库网址 ：https://rna.sysu.edu.cn/colorcells/index.php数据库简介 ：聚焦单细胞 RNA-Seq 数据中 lncRNA（多数单细胞研究忽略但丰度高、细胞特异性显著）与 mRNA 的分析比较，可用于两者表达和功能的分析。
14. CDCP
数据库网址 ：https://db.cngb.org/cdcp/数据库简介 ：即细胞组学数据协同平台（Cell-omics Data Coordinate Platform），可共享并整合复杂单细胞数据集，同时提供单细胞分析工具与可视化服务，为研究人员获取和探究已发表单细胞数据集提供便利。
15. Human Cell Atlas（HCA 计划）
数据库网址 ：https://www.humancellatlas.org/数据库简介 ：国际科学家小组共同推进的计划，汇集分子、功能和空间三个维度的人类细胞图谱，致力于构建解析人体所有细胞类型、数目、位置、分子构成和功能联系等信息的精细图谱，为临床诊断和治疗提供新思路。核心模块 ：主页分为 “探索数据（Explore data）” 和 “贡献数据（Contribute data）” 两个模块，下方有细胞、贡献者、项目及实验室数量统计；“Explore” 模块含多个可选项，可按需查找并下载数据。
16. JingleBells
数据库网址 ：http://jinglebells.bgu.ac.il/数据库简介 ：专门存放免疫相关单细胞数据的数据库，整合公开可用数据，收集免疫（120 个数据集）及非免疫（183 个数据集）的单细胞文献，且持续更新；是标准化单细胞 RNA-Seq 数据集的存储库，支持单细胞水平分析和可视化。
17. SC2disease
数据库网址 ：http://easybioai.com/sc2disease/数据库简介 ：人工收集的数据库，由西北工业大学计算机学院彭佳杰教授课题组开发，2020 年 10 月 3 日发表于《Nucleic Acids Research》（IF=11.501），为研究者提供各种疾病的各种细胞类型准确的基因表达谱资源。
18. scQuery
数据库网址 ：https://scquery.cs.cmu.edu/数据库简介 ：展示通过自动化管道下载、处理和注释公开 scRNA-seq 数据集的方法，实现大规模监督表征；涵盖来自 500 多个不同 scRNA-seq 研究的表达实验，代表 300 种独特细胞类型、总计近 150K 表达谱，数据源为 GEO 和 ArrayExpress 数据库；支持上传数据进行单细胞分析，确定细胞类型、关键基因等。
19. SCPortalen
数据库网址 ：http://single-cell.clst.riken.jp/数据库简介 ：日本研究人员开发的单细胞测序数据库，旨在提升不同环境下单细胞测序数据的可比性和可重用性，涵盖人类和小鼠单细胞转录组学数据集（可从 INSDC 网站公开获取）；还提供单细胞图像访问权限，用户可通过 Web 界面轻松搜索、分析和下载感兴趣的单细胞数据集。
20. scRNASeqDB
数据库网址 ：https://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/数据库简介 ：包含从 GEO 收集的 36 个人类单细胞基因表达数据集，涉及 174 个细胞组的 8910 个细胞；提供不同状态细胞基因表达详细信息及基因表达热图、箱线图、基因相关矩阵、GO 分析、通路注释等特征；支持用户提交 scRNASeq 数据集进行分析，可通过基因或细胞检索。
21. SCDevDB
数据库网址 ：https://scdevdb.deepomics.org/数据库简介 ：发育相关的单细胞数据库，包含 10 个数据集，涵盖 18413 个单细胞和 176 个细胞组。
22. KIT
数据库网址 ：http://humphreyslab.com/SingleCell/数据库简介 ：肾脏单细胞数据集在线数据库，允许用户从小鼠或人肾、人肾类器官单细胞数据集中查询基因表达；涵盖健康成人肾脏 - 上皮细胞、人体排斥肾同种异体移植活检组织、肾脏类器官、人类胎儿肾脏、人类糖尿病肾、人肾 snRNA/ATAC-seq 等组织器官的空间转录组数据。
23. VascularSingleCells
数据库网址 ：http://betsholtzlab.org/VascularSingleCells/database.html数据库简介 ：由 Betsholtz Lab 开发的成年小鼠脑、肺血管和血管周围细胞单细胞基因表达数据库；Christer Betsholtz 团队主要研究胚胎发育、成人健康和疾病中血管生成、血管通透性等血管功能的细胞和分子机制，重点关注大脑血管周围的微血管周细胞和血管周围成纤维细胞。
24. TISCH
数据库网址 ：http://tisch.comp-genomics.org/home/数据库简介 ：聚焦肿瘤微环境（TME）的 scRNA-seq 数据库，TISCH2 版本目前收集来自 GEO 和 ArrayExpress 的 190 个肿瘤 scRNA-seq 数据集，共超过 50 种癌症类型和 600 万个细胞；scRNA-seq 技术是研究 TME 细胞类型构成异质性的重要手段。
25. scTPA
数据库网址 ：http://sctpa.bio-data.cn/sctpa/数据库简介 ：用于通路激活特征的单细胞转录组分析网络工具，主要分析人和小鼠中通路激活特征的单细胞基因表达；基于已知生物通路或用户定义通路，通过测量单个细胞的通路激活，进行聚类分析并识别细胞类型特异性激活通路，助力了解通路中的细胞类型和状态取向。
26. HCL
数据库网址 ：https://db.cngb.org/HCL/数据库简介 ：即 Human Cell Landscape（人类细胞景观）单细胞数据库，在单细胞水平确定人体主要器官的细胞类型组成，构建人类细胞景观图谱。核心模块 ：分为 Home、Landscape、Gallery、Search、Run-scHCL、FAQ、Contact 七个版块；首页描述网站功能和更新，点击 “Human tissue info” 可查看人体组织信息，点击 “Microwell-seq Protocol” 可查看实验方案。
27. Tabula Muris
数据库网址 ：https://tabula-muris.ds.czbiohub.org/数据库简介 ：由斯坦福大学团队构建的小鼠单细胞转录组数据库，研究人员对小鼠整个生命周期内来自 20 个器官的 529823 个细胞进行单细胞 RNA 测序，生成 Tabula Muris Senis 图谱。
28. CeDR Atlas
数据库网址 ：https://ngdc.cncb.ac.cn/cedr数据库简介 ：基于文献中人类、小鼠和不同细胞系的特异性药物反应信息，整合 Connectivity Map 数据库药物与基因表达相关高通量数据，以及 Single Cell Portal、Human Cell Landscape、Mouse Cell Atlas 等数据库中不同组织 / 器官在不同疾病和生理 / 病理条件下的 scRNA-seq 数据；用于综合进行细胞类型特异性药物反应分析，涵盖疾病状态和正常细胞类型，为细胞药物反应谱提供直接参考。
29. Aging Atlas
数据库网址 ：https://ngdc.cncb.ac.cn/aging/index数据库简介 ：汇编由一系列高通量组学技术创建的大型基因表达和调控数据集，为生命科学研究人员提供资源；目前包含转录组学、表观基因组学、单细胞转录组学、蛋白质组学和药物基因组学五个模块；提供用户友好功能探索与年龄相关的基因表达变化，并支持下载衰老相关研究的原始多组学数据。
30. Gut Cell Atlas
数据库网址 ：https://www.gutcellatlas.org/数据库简介 ：人类肠道细胞图谱数据库，收录数据集对应的三篇文献分别发表于《Nature Immunology》《Developmental Cell》《Nature》，可结合 cell x gene 在线探索或下载数据集；包含时空肠道细胞图谱（11 + 肠道区域的 428K 肠道细胞，捐赠者涵盖胎儿、儿童和成人）、胎儿和儿童细胞图谱（6-11 周发育中人类肠道的 62,849 个细胞，及儿童克罗恩病患者与健康对照组回肠末端的 22,500 个细胞）、结肠免疫图谱（5 个人类盲肠、横结肠和乙状结肠的 41,650 个细胞）。
31. SPICA
数据库网址 ：https://spica.epfl.ch/projects数据库简介 ：即瑞士免疫细胞分析门户网站，是探索和分析免疫细胞单细胞 RNA-seq 数据的网络资源；与其他单细胞数据库相比，拥有精选的细胞类型特异性参考图谱，以高分辨率描述免疫细胞状态，并在这些图谱背景下分析已发表的单细胞数据集。
32. GRNdb
数据库网址 ：http://www.grndb.com/数据库简介 ：免费访问、用户友好的数据库，用于探索和可视化基于大规模 RNA-seq 数据的转录因子（TF）和下游靶基因（regulons）形成的预测调控网络，以及人类和小鼠多种条件下已知的 TF-target 关系；所有调控均从组学数据预测（非实验确定），用户可搜索、浏览和下载单细胞或群体水平多种条件下的 tf 靶对及相应基序，还可研究一系列基因的表达谱，分析基因表达水平与多种 TCGA 癌症患者生存的关系。
33. CellChatDB
数据库网址 ：http://www.cellchat.org/数据库简介 ：CellChat 自建的包含人和小鼠配体 - 受体信息的数据库；CellChat 是能通过 scRNA-seq 数据定量推断和分析细胞间互作网络的 R 包，CellChatDB 包含 2021 个经过验证的互作关系（60% 为分泌蛋白互作关系），48% 的互作关系涉及异质分子复合物。
数据库网址 ：http://www.cancerdiversity.asia/scMetabolism/数据库简介 ：由复旦大学中山医院研发的基于单细胞水平量化代谢活性的软件，基于常规单细胞矩阵文件，采用 VISION 算法对每个细胞评分，得到细胞在每条代谢通路中的活性得分，支持用户上传自身 scRNA-seq 数据进行分析。
35. THPA
数据库网址 ：https://www.proteinatlas.org/humanproteome/single+cell+type数据库简介 ：即 The Human Protein Atlas，其 “The single cell type section” 可探索单细胞表达谱，包含 31 个人体组织（含外周血单核细胞 PBMCs）的 scRNA-seq 数据的单细胞类型信息；数据与组织切片免疫组织化学染色关联，可视化空间蛋白质表达模式；scRNA-seq 分析基于公开全基因组表达数据，含 15 种细胞类型组的 557 个单细胞类型簇的所有蛋白质编码基因，可在交互式 UMAP 图和条形图中探索基因表达并链接免疫组织化学染色。
36. CELLxGENE
数据库网址 ：https://cellxgene.cziscience.com/数据库简介 ：较大的包含多种单细胞技术的数据资源中心，特色是细胞亚群注释细致清楚并以分类树展示；内嵌功能强大的工具，可用于单细胞数据的数据集查找、下载、分析、注释等处理，配套使用教程《分享一个细胞分类注释非常细致的单细胞资源库》。
37. CITEdb
数据库网址 ：https://www.citedb.cn/#/数据库简介 ：即 Cell-cell InTEraction database（细胞间相互作用数据库），手工筛选整理 728 对人类细胞间的相互作用信息，每个相互作用附带生理环境、相互作用的配体 - 受体对等结构化注释。
38. HTCA
数据库网址 ：https://www.htcatlas.org/数据库简介 ：即 The Human Transcriptome Cell Atlas（人类转录组细胞图谱），基于成人和胎儿的一站式交互单细胞多组学图谱数据库；收集 19 个健康成人组织和匹配胎儿组织的 3000 个 scRNA-seq 样本的 230 万 + 高质量细胞构建细胞图谱，可查询细胞类型基因特征、TF 活性、配受体互作等；还收录 16 个组织可变剪切表达谱、11 个组织空间转录组图谱、27 个组织单细胞 ATAC 图谱，提供 9 种单细胞在线分析工具（含质量控制、降维、无监督聚类、细胞类型注释、细胞通讯分析等），配套使用教程《分享一个单细胞多组学查询数据库》。
植物相关单细胞数据库
39. PCMDB
数据库网址 ：https://www.tobaccodb.org/pcmdb/homePage数据库简介 ：即 Plant Cell Marker Data Base（植物细胞 marker 数据库），收录拟南芥、水稻、玉米、大豆、番茄和烟草六种常见模式植物的 81,117 个人工精选细胞标记基因（含 3,119 个实验标记基因），涉及 22 种组织中的 263 种细胞类型。
40. PlantPhoneDB
数据库网址 ：https://jasonxu.shinyapps.io/PlantPhoneDB/数据库简介 ：手工整理的植物细胞通讯配受体数据库，收录拟南芥、水稻、番茄、玉米和杨树五个物种的大量高可信度配受体对数据；可在 web 页面搜索指定配体或受体信息、浏览已有 scRNA-seq 数据集分析结果，也可下载全部配体对信息。
41. scPlantDB
数据库网址 ：https://biobigdata.nju.edu.cn/scplantdb/home数据库简介 ：植物细胞图谱和标记的综合数据库，收录 17 个植物物种的 67 个高质量数据集的单细胞转录组数据。
42. Plant Single Cell Hub
数据库网址 ：http://jinlab.hzau.edu.cn/PsctH/数据库简介 ：由华中农业大学棉花遗传改良团队开发的植物单细胞综合数据库，旨在提供全面准确的不同植物不同组织各种细胞类型的细胞标记资源和分析流程。
43. PlantscRNAdb
数据库网址 ：http://ibi.zju.edu.cn/plantscrnadb/index.php数据库简介 ：植物单细胞 RNA 分析数据库，新版 3.0 收录拟南芥、水稻、番茄、玉米、草莓、杨树、烟草、白菜、木薯、大豆、苜蓿等 15 种植物，包含 114770 个 Marker 基因。
44. SpatialDB
数据库网址 ：https://www.spatialomics.org/SpatialDB/数据库简介 ：专门整理已发表论文中空间转录组数据的公共数据库，目前包含 8 种空间转录组技术生成的 24 个数据集，数据涵盖人、小鼠、果蝇、线虫和斑马鱼组织，也包含植物相关空间转录组数据。