TCGA-GEO

目录

01-TCGA数据库RNAseq数据下载与整理

02-TCGA数据库miRNA数据下载与整理

03-有关TCGA数据库临床数据的问题

04-TCGA数据库中SNV和CNV数据的下载

05-TCGA数据库中甲基化数据的下载和整理

06-GEO数据库中芯片数据的下载和整理

07-TCGA数据库：基因的表达探索

08-TCGA+GTEx数据库的数据整理

09-TCGA+GTEx数据库联合表达分析

10-TCGA数据库:miRNA的表达探索

11-筛选相关性基因

12-基因之间的相关性分析及可视化

13-3种R包(DESeq2、edgeR和limma)进行RNAseq的差异表达分析与比较

14-芯片数据的表达差异分析

15-clusterProfiler包+ClueGO做富集分析

16-单样本基因集富集分析(ssGSEA)用于肿瘤相关免疫细胞浸润水平评估

17-多种算法评估肿瘤免疫细胞浸润水平

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