Hisat2

Hisat2自定义索引文件

已有index的物种文件：Download | HISAT2 (daehwankimlab.github.io)

extract_splice_sites.py tRNA.fragments.hg19.gtf > tsRNA.ss

extract_exons.py tRNA.fragments.hg19.gtf > tsRNA.exon

hisat2-build --ss tsRNA.ss --exon tsRNA.exon gencode.v42.transcripts.fa tsRNA

后续比对，参考文章：转录组分析 | 使用Hisat2进行序列比对